税收筹划基础不稳导致的风险，中小企业开展税收筹划，需要良好的基础条件。税收筹划基础是指企业的管理决策层和相关人员对税收筹划的认识程度，企业的会计核算和财务管理水平，企业涉税诚信等方面的基础条件。如果中小企业管理决策层对税收筹划不了解、不重视、甚至认为税收筹划就是搞关系、找路子、钻空子、少纳税；或是企业会计核算不健全，账证不完整，会计信息严重失真，甚至企业还有偷逃税款的前科，或违反税法记录较多等等，造成税收筹划基础极不稳固，在这样的基础上进行税收筹划，其风险性极强。这是中小企业进行税收筹划主要的风险。
当改制重组后的企业再转让房地产并申报缴纳土地增值税时，对于“取得土地使用权所支付的金额”，按照改制重组前取得该宗国有土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用确定。如果是经批准以国有土地使用权作价出资入股的情况，那么作价入股时县级及以上自然资源部门批准的评估价格将作为确定金额的依据。而对于按购房发票确定扣除项目金额的情况，将按照改制重组前购房发票所载金额，并从购买年度起至本次转让年度止每年加计5%计算扣除项目金额。购买年度是指购房发票所载日期的当年。这些政策的依据是相关的法律法规。企业在进行兼并重组时，可以根据这些税收优惠政策来减少土地增值税的负担，从而提高企业的经济效益。
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